该片讲述的是铁胆火车侠几年之后的故事部分人物的声优有变更基本与铁胆火车侠一样是面向小学生的作品前作的主人公哲雪在故事的最后几集登场铁胆火车侠与黑魔头两军离开数年后由于黑魔头军再没有入侵地球的事被判明JHR基地面临着被封闭的命运不过现在黑魔头军又再度袭来他们的目的是为了带给人类不幸并利用人类小学生圣桥健太来协助他们做坏事期间健太误入了500系新干线所行使的铁轨上而快要被火车撞到就在这时光能量从宇宙飞来并与500系新干线合体铁胆火车侠LightningWest变形铁胆火车侠与黑魔头军的战斗又再度展开了
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