时代设定在距离前作约20年后的西历2220年大和号已经沉入了深海17年但此时对人类来说最宝贵的地球却受到了前所未有的大危机它将在半年后被不断向地球移动的黑洞卷入这个黑洞有着300倍于太阳的质量它巨大的重力影响下连光线都能完全吸入并迅速地向地球逼近受此威胁3亿地球人决定移民到距地球二万七千光年的星球由地球联邦组织移民船队准备搬到跑地球2万7千光年的恒星系阿玛尔居住但却受到神秘的大舰队的攻击导致第一次和第二次的船队都遭到毁灭于是古代进作为第三次移民团的护卫舰司令乘坐着从冰冷的海水中浮出的大和号再度起航但是在遥远宇宙的彼方为了阻止地球人的移民计划星际国家联合的SUS舰队正伏击在前方……
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