2285年在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号返回了地球的太空港以进行维修柯克还在为斯波克的死感到悲伤麦科伊医生出现了种种异常的行为如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房胡言乱语等最后他被送进了医院进行精神检查斯科提被另分派到了联邦星舰精进号星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令柯克被告知进取号即将除役斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他斯波克的遗体必须返回瓦肯星否则他的灵魂就不得安息沙瑞克要求柯克必须回到创世星寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星可是星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港从医院出来后听闻消息的麦科伊企图招募一艘飞船回到创世星在与人争吵时他被逮捕但这并没有影响到整个计划在柯克斯科特苏鲁乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱并一同登上了被废弃的进取号为了避免被追击斯科提还破坏了精进号的引擎六名伙伴冒着毁掉毕生事业的风险驾驶进取号航向创世星其间克林贡人得知了创世计划和创世星的消息由于担心联邦将其改造为一种新式武器克鲁格船长率领一艘克林贡猛禽战舰去夺取或摧毁这一战略性的武器在联邦星舰葛瑞森号上戴维马库斯博士与莎维可上尉在创世星的轨道上进行着科学观测他们很快便在地面上发现了生命形式出于好奇心的驱使他们俩传送上了星球表面并发现了斯波克空荡的遗棺循着生命形式的读数他们发现了幼年斯波克的活体成长速度奇快但却没有意识或灵魂克林贡人在此时也抵达了创世星他们摧毁了葛瑞森号并抓获莎维可马库斯和少年的斯波克作为人质不一会进取号也抵达穆塔拉星区MutaraSector很快就被克鲁格与他的一群克林贡战士攻击到瘫痪由于克林贡人威胁将夺去人质的生命柯克使用了一个计谋来重新掌控局势但并未成功戴维马库斯随后被克林贡人杀害由于没有其他的选择柯克只得向克林贡人投降柯克为了重新占据上风冒死一搏启动了进取号的自毁程序进取号的船员随后传送上了创世星目睹着进取号在一片亮光中毁灭同时也捎带上了克鲁格大部分的战士柯克最终与他的团队从克林贡人手中营救了斯波克与莎维可并在与克鲁格的一对一战斗中杀死了他由于创世星独特的力量斯波克的遗体得以重生并随着创世星衰老的速度迅速地成长在离开不稳定的创世星时斯波克刚好达到死亡前的年龄在登上夺来的猛禽舰时创世星开始了剧烈的爆炸在沙瑞克的庇护下猛禽舰抵达了瓦肯星在经历了危险的浮图邦术仪式后斯波克的灵魂离开了麦科伊的意识回到了自己的身体中仪式最终成功复活的斯波克开始重新回忆他的过去与朋友他问进取号的船员们为什么要冒着失去生命与毁掉事业的危险营救他；柯克告诉他有些时候需要牺牲大我成全小我